Projekte

AnnoBeet

Beet

Verbesserungen der Genomsequenz der Zuckerrübe für Forschung und biotechnologische Anwendungen.
Projektlaufzeit: 2011 - 2014; gefördert von PLANT-2030 (von BMBF/PtJ)
Koordinator: Bernd Weisshaar (Uni Bielefeld)
PI's: Heinz Himmelbauer (MPI-MG Berlin und CRG Barcelona), Thomas Schmidt (TU Dresden), Britta Schulz (KWS Saat AG), Thomas Kraft (Syngenta Seeds GmbH)

Die Zuckerrübe (Beta vulgaris ssp. vulgaris) ist eine wichtige Nutzpflanze in Europa und den USA, die für ca. 30% der jährlichen globalen Zuckerproduktion genutzt wird. Ziel des Projektes AnnoBeet ist die funktionelle und strukturelle Annotation der Genomsequenz der Zuckerrübe für die Nutzung in der Pflanzenbiotechnologie. Um die vorliegenden Genomsequenz-Daten, die Entwurfsqualität ("draft sequence") aufweisen, in Richtung einer Qualitätssequenz ("pseudochromosome sequence data") zu entwickeln, werden zusätzliche Sequenzdaten sowohl für das Schliessen von Sequenzlücken als auch für direkte sequenzbasierte Genotypisierung benötigt. Sequenzbasierte hochauflösende genetische Karten für Rübe ermöglichen die genetische Zuordnung von bisher nicht erfassten Sequenzabschnitten in den Kontext des Gesamtgenoms. Die resultierende Qualitätssequenz ermöglicht die Entwicklung weiterer Züchtungsmarker (SNPs) und dient der Detektion von "presence/absence" Variation (PAV), welche grosses Potential für die Züchtung hat. MORE

GABI-Kat

GABI Kat

Herstellung von Flanking Sequence Tags (FSTs) aus T-DNA mutagenisierten Arabidopsis thaliana Pflanzen (Accession Columbia).

GABI-Kat hat als Ziel mindestens 80.000 T-DNA transformierte Linien herzustellen. Es wird DNA von T1-Pflanzen isoliert und die Samen einzelner Linien (T2-Samen von T1-Pflanzen) werden geerntet. Flanking sequence tags (FSTs) werden für die Insertionsstellen generiert. SimpleSearch ist das web interface, das die Suche nach ausgewählten Genen in unserer Datenbank erlaubt. Wir versenden Samen (üblicherweise T2-Samen) ausschließlich für bestätigte Insertionen an externe Nutzer.

PI's: Bernd Weisshaar, Koen Dekker, Bernd Reiss & Heinz Saedler (MPIZ)

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